In ricerca della Clavis universalis che gli avrebbe aperto la porta della conoscenza del cosmo, Patrizi andò perfezionando il suo metodo conoscitivo, applicandolo in diversi settori del sapere.
Conforme alla dottrina platonica dell’Uno e delle sue emanazioni, in ricerca del sistema fondamentale soggiacente a ogni conoscenza, poté senza esitazioni esercitarsi in vari e diversi campi del sapere.
La sua inesorabile curiosità e la ricerca delle risposte ultime, lo fecero diventare uno dei dalmati e italiani più eruditi e ammirati del suo tempo.

Suoi vastissimi interessi compresero l’arte, la storia e la letteratura, le scienze e l’arte della guerra.
Tra le prime opere pubblicate fu una collezione degli scritti apparsi a Venezia nel 1553, che includevano: utopistica La città felice, il dialogo sull’onore, Il Barignano e Discorso sulla diversità dell’ispirazione poetica, Discorso della diversità de' furori poetici.
Cercando di innovare anche su campo letterario scrisse un poema eroico, Eridano.
Nel 1560 pubblicò dieci dialoghi sulla storia (Dialoghi sulla storia), e due anni più tardi, altrettanti sulla retorica (Dialoghi sulla retorica).

Assumendo posizioni antiaristoteliche, e in favore al platonismo, nelle Discussiones peripateticae (Venezia 1571, Basel 1581 versione rivista e ampliata) offre la più fondata analisi e critica del pensiero aristotelico dominante.
Procedendo con il metodo del diretto confronto delle posizioni opposte, Patrizi arrivò alle posizioni che non si potevano difendere filosoficamente.
La sua opera finì pertanto ad essere considerata uno dei maggiori contributi alla filosofia rinascimentale, mentre il suo metodo offrì un modello alternativo che aprì nuovi percorsi nell’insegnamento della filosofia alle università.

Dieci anni più tardi, nel 1583 fondato sugli studi di Polibio, Livio e Dionigi d’Alicarnaso, pubblicò uno studio sull’arte militare in antica Roma (Militia Romana). Ancora un decennio più tardi, questo sarà seguito da due volumi in cui paragona tattiche militari del suo tempo con quelle dell’antica Roma (Paralleli militari).

Poco prima dell’invito di papa Clemente VIII di venire a Roma per insegnare la filosofia platonica alla Sapienza, Patrizi pubblicò la prima edizione del suo capolavoro Nova de universis philosophia (Ferrara, 1591; un’edizione riveduta fu pubblicata a Venezia, nel 1593).
L’opera è divisa in quattro parti, in cui rispettivamente esamina cause prime, Divinità, dottrina dell’anima, e derivazione dell’universo dal Dio Fattore.
Il suo sistema è fondato sulla teologia: Dio è il Padre, il Bene, l’Uno, il Primo.
Qui ripropose inoltre i temi maggiori che dominarono la sua carriera filosofica: l’opposizione all’aristotelismo, l’ammirazione per Platone e per le altre fonti alternative antiche e moderne, promuovendo il metodo che gli permise di creare un modello nuovo e proprio, che costituì la base per l’insegnamento della filosofia nelle università europee.
Per le posizioni chiaramente alternative l’opera fu condannata dalla Congregazione dei libri proibiti. Nel 1592 dovette correggere alcune dichiarazioni, che talvolta furono proiettate in alcune direzioni nelle quali dal Seicento in poi la scienza della filosofia si sarebbe incamminata.

Opere principali:

• Discussioni peripatetiche, 1581
• Della Poetica scritta volutamente in italiano, per segnare la superiorità sul latino propagato dagli umanisti, esce nel 1586;
• Nuova geometria, nel 1587 è dedicata a Carlo Emanuele di Savoia, e nello stesso anno la Philosophia de rerum natura, che sollevarono il più grande interesse.
• Nova de Universis Philosophia, nel 1591 l’opera perseguitata dall’Inquisizione, divisa in 4 parti: in cui rispettivamente parla della luce; del principio delle cose; o dell'anima; del mondo
• Paralleli militari, nel 1594

Opere